Você tem vários sistemas legados que precisa manter e ainda não conseguiu realizar a migração de tudo para Linux.
Então você precisa analisar as opções para integrar tudo nesta rede.
Um artigo que apresenta algumas opções você poderá ver neste link aqui.
O artigo apresenta o venerável Samba, Microsoft Services for Unix 3.5, Vintela Authentication Services.
Mas não menciona o importante eDirectory da Novell.
O produto mais "polido" acredito ser o da Novell.
Mas o Samba tem a incomparável vantagem de dar o poder de controle e flexibilidade total nas suas mãos, por ser código livre.
Dependendo da complexidade da rede, você poderá ter de contratar serviços de configuração e suporte se sua equipe interna ainda não estiver preparada para a missão.
Mas em qualquer das escolhas, a configuração e manutenção de uma rede complexa heterogênea não é trivial.
É bom ler mais neste link aqui e neste outro aqui.
Também poderá ler algumas dicas no site do Grupo de Trabalho para Migração para Software Livre do governo brasileiro. Provavelmente uma das maiores do mundo.
Veja aqui com dicas desse Grupo de Trabalho para os sistemas Debian GNU / Linux.
Outra interessante fonte de consulta é o Guia Livre - Referência de Migração para Software Livre.
Naturalmente, também a documentação e fóruns do site do Samba.